덕숭산 산허리에 있는 이 사찰은 수덕사와 함께 지명법사가 창건하였다고 전하나 정확한 연원은 밝혀지지 않고 있다. 이 곳은 많은 고승 대덕들이 용맹정진했던 도량으로 1930년 당시 조실이었던 만공 선사가 중수하여 가람을 재정비하니 선원으로서의 위상이 크게 향상되어 현대 불교계를 움직인 고승들을 배출했다. 정혜사 현판에 걸려 있는 능인선원은 고색과 무게를 갖춘 당우로 만공선사가 주석하며 선풍을 진작시킨 납자(子)들의 정진처이다. 또한 만공선사가 세수 75세의 나이로 입적(入)한 곳이기도 하다. 정혜사 앞마당에 있는 자그마한 동산위에는 작은 2기의 석탑이 나란히 서 있어 쌍(雙) 또는 남매탑( 塔)으로 불리운다.