금북정맥의 서쪽 중심축인 가야산에는 때죽나무, 싸리나무, 산초나무, 산수유, 산딸나무, 층층나무, 오갈피나무,고로쇠나무, 물푸레나무, 상수리나무, 떡갈나무등의 낙엽활엽수와 으름덩굴의 만경류 등을 포함해 100여종의 수목이 폭넓게 자생하고 있다.
쥐손이풀, 깨풀, 조개풀 등 초본류도 200여종이 뒤섞여있다.
또한 노루 산토끼, 너구리 같은 포유류가 우세종으로 나타나고 고슴도치, 족제비, 두더지, 다람쥐, 박주도 흔히 볼 수 있다.
조류로는 꿩, 멧새류가 제일 많고 꾀꼬리, 까치, 까마귀, 멧비둘기, 새매, 소쩍새, 닥새, 올빼미, 부엉이, 굴뚝새, 독수리 등도 분포한다.
곤충 : 붉은산꽃하늘소, 검은다리실베짱이, 좀사마귀, 톱사슴벌레 등 다양한 곤충들이 관찰되고 있다.
충청남도 환경보전 종합대책 기본계획 ( 2001년 )에 따르면, 가야산은 계룡산국립공원보다 2.5배나 되는 식생을 자랑하는 곳이라고 한다.
